ไม่เพียงเป็นที่ประทับเพื่อฟื้นฟูพระพลานามัย แต่พระราชนิเวศน์มฤคทายวันได้ผ่านฤดูกาลมาเกือบศตวรรษ เคยถูกทิ้งร้างไว้นานกว่า ๔๐ ปี จนผุพังทรุดโทรม สีที่ทาทับไม้หลุดล่อน เนื้อไม้เสื่อมสภาพจากไอทะเล แสงแดด และเชื้อรา รวมทั้งฐานรากของตัวอาคารที่ต้องรับน้ำหนักของกระเบื้องว่าวจำนวนกว่าแสนแผ่นที่มุงหลังคาอยู่ในปัจจุบันและมีน้ำหนักมากกว่าของเดิมอยู่แผ่นละ ๑ กิโลกรัม และขณะนี้พระราชนิเวศน์มฤคทายวันอยู่ในกระบวนการบูรณะและอนุรักษ์ โดย โรงไม้แห่งพระราชนิเวศน์มฤคทายวัน ได้รับรางวัล New Design in Heritage Context with Special Recognition for Sustainable Development องค์การเพื่อการศึกษาวิทยาศาสตร์ และวัฒนธรรมแห่งสหประชาชาติ หรือยูเนสโก เมื่อปี พ.ศ.2564